Le Consulat est une période de renaissance, la ville devient siège de Préfecture. Le préfet Jean de Bry s’efforcera le temps qu’il sera en poste (de 1801 à 1814) de pacifier la cité et de réconcilier les prêtres divisés. C’est le retour à l’ordre et aux valeurs traditionnelles. L’établissement de l’Empire renforce l’autorité du Préfet. La vie bisontine est plus gaie. Sur le plan de l’instruction la ville se forge un rayonnement régional. L’enseignement primaire est dédaigné par les pouvoirs publics qui encouragent les congrégations religieuses à s’en occuper. Par contre, le lycée connaît un franc succès et sont instituées une école de médecine, une école de dessin et une Université. Une bibliothèque publique est construite en 1806 près de l’Eglise Saint-Maurice. La ville se retrouve siège d’un Archevêché, le chapitre métropolitain est reconstitué et le grand Séminaire rétabli. Les processions religieuses sont peu à peu à nouveau autorisées.
La vigne reste la principale ressource économique, l’horlogerie a subi bien des déboires mais aurait produit 20 000 montres en 1805, la bonneterie Detrey emploie plusieurs centaines d’ouvriers. Le commerce reste limité. La ville n’a pas changé et reste enserrée dans ses fortifications. Les rues sont étroites et dangereuses, coupées par un ruisseau boueux. L’approvisionnement en vivres et en eau est un problème : la garnison compte 4500 hommes et la ville attire les pauvres et les mendiants des campagnes voisines. Jean de Bry fait appel aux congrégations religieuses pour accueuillir les pauvres dans les meilleures conditions possibles à Bellevaux et dans les hôpitaux civils et militaires.
1810 voit naître une crise économique, une série de faillites, puis plusieurs hivers rigoureux font augmenter le prix du pain. La population est lasse de la guerre. L’investissement de Besançon par les Autrichiens a lieu le 11 janvier 1814, le blocus durera jusqu’au 2 mai. Le général Marulaz défend la ville énergiquement mais une partie de la population n’approuve pas ces sacrifices pour une cause qui semble perdue. La restauration des Bourbons est accueillie avec soulagement.
