Cette période fût difficile à Besançon. La crise de 1816-1817 survient dans une économie très dépendante de l’agriculture. La misère est grande, la famine menace.
La société répugne aux grands changements : la vigne décline et l’industrie a du mal à se mettre en place, l’horlogerie évolue doucement. L’attitude routinière du conseil municipal n’aide pas au développement du commerce. Pas plus qu’elle ne favorise les travaux d’architecture.
Le canal du Rhône au Rhin fut tout de même terminé en 1832.
La Restauration déçoit les Bisontins, ils manifestent donc leur mécontentement lors de la révolution de juillet 1830. Il s’ensuit une nouvelle crise économique en 1831 qui voit le retour des ateliers de charité. Une épidémie de choléra en 1934 fait plus de peur que de mal.
La vigne périclite, l’horlogerie devient une activité importante mais rien qui fasse penser à l’arrivée de la grande industrie. Le commerce par contre est en net progrès, on construit de nouvelles halles (le musée actuel) sur la place Labourey. Ce développement est en lien direct avec l’amélioration des voies de communication : le canal du Rhône au Rhin traverse Besançon, les routes sont améliorées, le chemin de fer arrive en 1856.
L’expansion de la ville est freinée à cause des zones de protection imposées par l’armée. Par contre le centre change : les rues sont élargies, alignées, pavées et éclairées. Il y en a aussi de nouvelles : la rue de Traverse (rue de la Préfecture), rue Baron (rue Moncey), rue Neuve Saint-Pierre (rue de la République). Le pont Battant est élargi, celui de Bregille en bois est consolidé par des piliers de pierre. On relie Saint-Pierre aux Chaprais par le « pont fil de fer » qui ne sera édifié en pierre qu’en 1883.
Le socialisme utopique de Fourier et celui de Proudhon n’ont que peu d’échos dans leur ville.
