L’église Saint-Pierre fut peu de temps au IVe siècle l’église épiscopale de Besançon. Rebâtie au XIe siècle et remaniée à l’époque gothique, elle se dressait alors plus près de l’Hôtel de Ville, sur une place beaucoup plus étriquée qu’actuellement. Au XVIIIe siècle son aspect moyenâgeux sur la place principale de la ville déplaît : elle est donc reconstruite de 1782 à 1786 par l’architecte Claude-Joseph-Alexandre Bertrand. La hauteur du clocher s’explique par son rôle de beffroi de l’Hôtel de ville portant bien haut la cloche municipale et de loge du guetteur.
Répertorié aux Monuments Historiques en 1942.