Grâce à la paix retrouvée voici enfin une longue période de prospérité. La population passe de 16 000 à 32 000 habitants.
L’activité principale reste rurale, les vignerons groupés dans la confrérie de Saint-Vernier sont nombreux. On les appelle les bousbots parce qu’ils ont autrefois chassé les « bots » (protestants) de la ville.
L’élevage du bétail s’est développé et la forêt est toujours un élément important; grâce à l’affouage (répartition annuelle de bois par ménage) les citadins ont de quoi se chauffer l’hiver. Un grenier d’abondance (l’actuel Conservatoire) est construit sur la place Labourey en 1726. Le commerce stagne, la ville s’enrichit tout de même.
La ville change : on encourage des projets d’assainissement, de numérotage des maisons, d’éclairage des rues, d’adduction d’eau. La ville s’étend sur une zone entre la rue Saint-Vincent (rue Mégevand) et le Doubs. On perce la rue Neuve (rue Charles-Nodier), on commence une voie traversant le domaine des Carmes (rue de la Préfecture) et on aménage des jardins publics à Chamars et à Granvelle.
Le Siècle des Lumières est témoin de grands travaux architecturaux à Besançon : l’actuelle Préfecture et le Théâtre, voulus tous deux par Monsieur de Lacoré et édifiés respectivement par les architectes Nicole et Ledoux.
La cohabitation entre la garnison et la population étant difficile, la ville accepte de participer à la construction de casernes dans les quartiers Saint-Pierre et Saint-Paul.
C’est aussi l’époque de la construction de la Chapelle du Refuge, de l’église de la Madeleine, de l’église Saint-Pierre et du remaniement de la cathédrale Saint-Jean c’est aussi à cette période que les familles en vue se font construire leur hôtel particulier.
L’attachement au traditionnalisme limite cependant l’essor culturel caractéristique de ce siècle.
