Vesontio : c’est le seul nom de ville de la région cité par César dans la Guerre des Gaules (cf. le chapitre antiquité); plus tard Vesontione deviendra, par simple évolution phonétique Besançon.
Là où les avis divergent c’est quant à la signification de ce Vesuntio; certains ont invoqué le nom du bison ce qui aurait pu expliquer l’évolution v / b mais il semble bien plus probable que la racine soit prélatine (gauloise ou plus ancienne encore – ligure?) : wes- qui aurait désigné la montagne et que l’on retrouve dans le Vésuve, le mont Viso, Vézelay et bien sûr dans Vesoul. Si cela est exact Besançon a donc un nom plus ancien encore que les Gaulois et ceux-ci ont continué à utiliser.
Au Moyen-Âge (IXè – XIIè siècles) la ville est appélée parfois Chrysopolis (« ville d’or »). Ce nom apparemment sans rapport avec les noms antique et moderne aurait été formé sur la plaisanterie besan sum «je suis une pièce d’or». Mais Chrysopolis était dans l’Antiquité le nom d’un quartier de Byzance; on pourrait alors penser à un jeu de mots Byzance / Besançon.