Le maire de Besançon actuel est Anne Vignot, née en 1960 et élue en 2020 lors des élections municipales. Elle est également présidente de Grand Besançon Métropole. Anne Vignot est membre d’Europe Écologie Les Verts et a été conseillère régionale de Franche-Comté de 2010 à 2015. Avant d’être élue maire de Besançon, elle a été adjointe au maire de 2014 à 2020. Elle est la première femme et la première écologiste à occuper le poste de maire de Besançon. Le conseil municipal de la Ville de Besançon est composé de 55 élus, dont la maire et 16 adjoints, chacun ayant des délégations spécifiques. Avant Anne Vignot, le maire de Besançon était Jean-Louis Fousseret, qui a occupé le poste de 2001 à 2020.