La querelle entre l’Empire et l’Eglise va réaparaître sous le règne de Frédéric Barberousse (1152-1190). Celui-ci épouse Béatrice, fille de Renaud, comte de Bourgogne, ce qui fait donc de lui le « double » souverain de la Franche-Comté. En 1157, à Besançon, il se fait fort d’imposer son autorité. Mais le légat du pape lui rappelle que l’Empereur tient ses pouvoirs de Dieu et donc du vicaire de Saint-Pierre, le pape. Suivra un schisme puisque Barberousse et les évêques de l’Empire choisissent un « anti-pape », Victor IV. L’archevêque de Besançon se rallie à l’Empereur pour bénéficier de son soutien dans sa lutte contre la population bisontine qui le conteste. Cependant Barberousse sera vaincu par les milices lombardes et devra signer la paix de Venise. A Besançon il arbitre le conflit entre l’archevêque et la population et grâce à lui certaines règles de servage sont assouplies voire abolies. L’Empereur y gagnera la popularité et la présence de l’aigle noir des Césars et des deux colonnes romaines dans les armes de la ville en témoigne.
Après la mort de Barberousse (en croisade) l’Empire est affaibli ce qui crée des tensions. L’archevêque doit concéder à la population la garantie de la liberté des personnes, un droit de consultation pour les affaires de la ville et l’extension des droits d’usage. Mais il garde cependant les pouvoirs principaux (justice, économie,…) au contraire de ce qui se fait dans la plupart d’autres villes où les bourgeois ont obtenu le droit de former une Commune qui se gère elle-même. Il faudra une première révolte en 1224 pour qu’une Commune soit finalement créée en 1255. Mais le pape demandera l’intervention du roi, Saint-Louis, et les bourgeois se soumettront à son arbitrage. Néanmoins avec l’aide du duc de Bourgogne ils obtiennent en 1264 une limitation des pouvoirs de l’archevêque. En 1290 l’empereur Rodolphe de Hasbourg accorde à Besançon les privilèges de la cité. L’année suivante les habitants assiègent et rasent le château de l’archevêque. La Commune est officielle à partir de 1293.
