La spécialité culinaire de Besançon est la saucisse de Morteau, une saucisse fumée et séchée qui est produite dans les montagnes du Jura à proximité de la ville. La saucisse de Morteau est souvent utilisée dans des plats traditionnels comtois tels que la célèbre potée comtoise, un plat mijoté de viande et de légumes.
La ville de Besançon est également connue pour ses fromages, notamment le comté, produit dans les montagnes du Jura à proximité de la ville. Le comté est un fromage à pâte pressée cuite, qui est vieilli pendant plusieurs mois avant d’être consommé. Il est souvent utilisé dans les plats traditionnels comtois tels que la fondue comtoise ou le Mont d’Or chaud.
Enfin, la ville de Besançon est également réputée pour ses vins produits dans les vignobles de la région, notamment les vins du Jura tels que le vin jaune ou le vin de paille. Ces vins sont produits à partir de raisins cultivés sur des sols calcaires et sont vieillis pendant plusieurs années dans des fûts en chêne avant d’être consommés.