L’année 1789 débute par un hiver rude, on allume de grands feux aux Cordeliers et à l’Intendance pour accueillir ceux qui souffrent du froid. Le blé manque. Et quand le dégel arrive il provoque de graves inondations dans les quartiers au bord du Doubs. Le 30 mars, la foule saccage plusieurs maisons, pille les boulangeries et ne se calme que lorsque le gouverneur – le marquis de Langeron – fait arrêter une soixantaine de personnes le lendemain.
La nouvelle de la prise de la Bastille suscite de l’enthousiasme mais aussi des attroupements (le 17 juillet à Granvelle, le 20 à Chamars) qui inquiètent les autorités, celle-ci préférant alors libérer les détenus du 31 mars. L’agitation persiste tout au long de l’été et a pour conséquences l’organisation de la garde nationale, le renouvellement de la Municipalité et surtout la conclusion entre quatorze villes de Franche-Comté à l’initiative de Besançon d’un « traité fédératif sur les subsistances et l’exécution des décrets de l’Assemblée Nationale et tout ce qui peut concourir au rétablissement de l’ordre et de la tranquillité publique ».
Il s’ensuit pendant une dizaine d’années une succession de troubles. Les vestiges de la royauté (les fleurs de lys et même la statue de Charles-Quint) disparaissent. L’opinion publique aspire à la paix et à la douceur de vivre, la population fréquente de plus en plus théâtres et cafés. A noter à cette période l’initiative d’un horloger suisse en difficulté avec les autorités de son pays qui installe une fabrique à Besançon, c’est le début d’une activité d’avenir pour la ville.
Les biens des nobles et des émigrés ne sont que peu atteints, les biens du clergé passant dans les mains des vignerons et des négociants. Des ateliers de charité sont créés pour assurer des ressources aux sans emplois ; la Municipalité prend en charge les hôpitaux Saint-Jacques et le Saint-Esprit.
L’enseignement devient public mais pas encore gratuit ce qui ne le met pas à portée d’un grand nombre. L’école centrale est créée pour l’enseignement secondaire.
