Elle doit son nom depuis 1904 au grand musicien de la Renaissance, né vers 1510 à Besançon, qui mit en musique des psaumes traduits et versifiés par Marot. Il mourut assassiné à Lyon lors d’un massacre de huguenots.
Mais jusqu’à cette date elle s’appelait rue du Saint-Esprit, du nom de l’hospice dont elle longeait les bâtiments.
